葡萄膜炎的手术治疗包括诊断性手术、治疗性手术。
　　诊断性手术主要用于了解感染性葡萄膜炎的病因， 其次是排除眼内恶性肿瘤。大多数葡萄膜炎，通过询问病史，根据典型的临床症状体征和相关的实验室检查可以得到明确诊断，但仍然有少数患者临床表现不典型，常规治疗无效，且视力损害严重而不能再等待的病例，须要通过眼内活组织检查(活检) ，才能了解真实病因而采取有效治疗来挽救视力。常见的手术方式包括前房穿刺、玻璃体穿刺抽取或切除、视网膜取材、脉络膜活检等。标本取得后应立即送实验室，根据不同临床要求，进行相应的检查，如涂片、培养和药物敏感试验检查细菌和真菌，PCR检查细菌、真菌病毒或肿瘤细胞DNA，、ELISA测定了解抗体含量等。取材结果分析易受曾使用的抗生素和糖皮质激素等药物的影响。尽管诊断性手术不失为诊断葡萄膜炎的一个后手段及有力武器，但需重视的是在进行活检前，要充分利用相关的实验室检查及估计可使用的实验室条件，以减少不必要的手术或闲置或浪费标本，使患者遭受无回报的手术创伤。
　　治疗性手术又分为抗炎抗感染手术治疗和针对并发症的手术治疗。治疗性手术可用于治疗葡萄膜炎，如由细菌、真菌感染或眼内寄生虫引起的严重葡萄膜炎，但大部分是用来治疗长期葡萄膜炎导致的各种影响视力的并发症，如并发性白内障、继发性青光眼、玻璃体混浊、黄斑前膜，以及孔源性、牵拉性视网膜脱离等。
　　有关葡萄炎膜并发症的手术时机，目前绝大多数医生倾向于在炎症完全控制后2～3个月进行。尽管玻璃体手术被认为可以通过清除玻璃体，去除玻璃体内有害细胞因子和化学活素，有助于炎症消退，但手术本身是外伤性刺激，若在炎症存在的情况下进行手术将有加重炎症的危险，所以原则上应在炎症完全控制后2～3个月进行。同时，手术中操作应轻巧，不使手术加重损坏原已存在炎性反应的脆弱眼组织。另外，治疗过程中应根据病情足量全程使用激素及免疫抑制剂控制炎症，以减少术后炎性反应复发。手术包括虹膜周切术、激光虹膜打孔术、白内障摘除术、抗青光眼小梁切除术、引流物植入术、玻璃体切除术、玻璃体注药术、视网膜复位术等，应根据疾病特点制定个体化的手术治疗方案。也有病人终依靠玻璃体手术并硅油注入而得以保留眼球。